Python Module Index

p


	p
	`parmed`
	`parmed.amber`
	`parmed.amber.amberformat`
	`parmed.amber.asciicrd`
	`parmed.amber.mask`
	`parmed.amber.mdin`
	`parmed.amber.mdin.cntrl`
	`parmed.amber.mdin.ewald`
	`parmed.amber.mdin.mdin`
	`parmed.amber.mdin.pb`
	`parmed.amber.mdin.qmmm`
	`parmed.amber.netcdffiles`
	`parmed.amber.offlib`
	`parmed.amber.parameters`
	`parmed.amber.readparm`
	`parmed.amber.titratable_residues`
	`parmed.charmm`
	`parmed.charmm.charmmcrds`
	`parmed.charmm.parameters`
	`parmed.charmm.psf`
	`parmed.constants`
	`parmed.exceptions`
	`parmed.formats`
	`parmed.formats.mol2`
	`parmed.formats.pdb`
	`parmed.formats.pdbx`
	`parmed.formats.pdbx.PdbxContainers`
	`parmed.formats.pdbx.PdbxReader`
	`parmed.formats.pdbx.PdbxWriter`
	`parmed.formats.pqr`
	`parmed.formats.psf`
	`parmed.formats.registry`
	`parmed.formats.sdf`
	`parmed.geometry`
	`parmed.gromacs`
	`parmed.gromacs.gromacsgro`
	`parmed.gromacs.gromacstop`
	`parmed.modeller`
	`parmed.modeller.residue`
	`parmed.modeller.standardtemplates`
	`parmed.namd`
	`parmed.namd.namdbinfiles`
	`parmed.openmm`
	`parmed.openmm.parameters`
	`parmed.openmm.reporters`
	`parmed.openmm.topsystem`
	`parmed.openmm.utils`
	`parmed.openmm.xmlfile`
	`parmed.parameters`
	`parmed.periodic_table`
	`parmed.rdkit`
	`parmed.rdkit.rdkit`
	`parmed.residue`
	`parmed.rosetta`
	`parmed.rosetta.pose`
	`parmed.scripts`
	`parmed.structure`
	`parmed.symmetry`
	`parmed.tinker`
	`parmed.tinker.parameterfile`
	`parmed.tinker.system`
	`parmed.tinker.tinkerfiles`
	`parmed.tinker.topologyobjects`
	`parmed.tools`
	`parmed.tools.actions`
	`parmed.tools.add1264`
	`parmed.tools.addljtype`
	`parmed.tools.argumentlist`
	`parmed.tools.changeradii`
	`parmed.tools.checkvalidity`
	`parmed.tools.coarsegrain`
	`parmed.tools.exceptions`
	`parmed.tools.gui`
	`parmed.tools.gui.guiactions`
	`parmed.tools.gui.guifiletools`
	`parmed.tools.gui.guitools`
	`parmed.tools.logos`
	`parmed.tools.parmed_cmd`
	`parmed.tools.parmlist`
	`parmed.tools.simulations`
	`parmed.tools.simulations.openmm`
	`parmed.tools.simulations.sanderapi`
	`parmed.topologyobjects`
	`parmed.unit`
	`parmed.unit.basedimension`
	`parmed.unit.baseunit`
	`parmed.unit.constants`
	`parmed.unit.mymatrix`
	`parmed.unit.prefix`
	`parmed.unit.quantity`
	`parmed.unit.standard_dimensions`
	`parmed.unit.unit`
	`parmed.unit.unit_definitions`
	`parmed.unit.unit_math`
	`parmed.unit.unit_operators`
	`parmed.utils`
	`parmed.utils.decorators`
	`parmed.utils.fortranformat`
	`parmed.utils.fortranformat.config`
	`parmed.utils.fortranformat.FortranRecordReader`
	`parmed.utils.fortranformat.FortranRecordWriter`
	`parmed.utils.io`
	`parmed.utils.netcdf`
	`parmed.utils.pairlist`
	`parmed.utils.pandautils`
	`parmed.utils.six`
	`parmed.utils.timer`
	`parmed.vec3`