"""
This module contains all of the cntrl namelist variables for the
different amber programs and automatically loads those dictionaries
with the default values found in that program (sander or pmemd).
GPL LICENSE INFO
Copyright (C) 2010 Jason Swails and Ben Roberts
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Boston, MA 02111-1307, USA.
"""
[docs]class cntrl:
def __init__(self):
self.sander = {'irest': 0, 'ibelly' : 0, 'ntx' : 1, 'ntxo' : 1,
'ntcx' : 0, 'ig' : 71277, 'tempi' : 0.0, 'ntb' : -1, 'ntt' : 0,
'nchain' : 1, 'temp0' : 300.0, 'tautp' : 1.0, 'ntp' : 0,
'pres0' : 1.0, 'comp' : 44.6, 'taup' : 1.0, 'nscm' : 1000,
'nstlim' : 1, 'dt' : 0.001, 'ntc' : 1, 'ntcc' : 0, 'nconp' : 0,
'tol' : 0.00001, 'ntf' : 1, 'nsnb' : 25, 'cut' : 0.0, 'dielc' : 0,
'ntpr' : 50, 'ntwx' : 0, 'ntwv' : 0, 'ntwe' : 0, 'ntave' : 0,
'ntpp' : 0, 'ioutfm' : 0, 'ntr' : 0, 'nrc' : 0, 'ntrx' : 1,
'taur' : 0, 'nmropt' : 0, 'ivcap' : 0, 'cutcap' : 0.0,
'xcap' : 0.0, 'ycap' : 0.0, 'zcap' : 0.0, 'fcap' : 1.5,
'xlorth' : -1.0, 'ylorth' : -1.0, 'zlorth' : -1.0,
'xorth' : 47114711.0, 'yorth' : 47114711.0, 'zorth' : 47114711.0,
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'dx0' : 0.01, 'pencut' : 0.1, 'ipnlty' : 1, 'iscale' : 0,
'scalm' : 100.0, 'noeskp' : 1, 'maxcyc' : 1, 'ncyc' : 10,
'ntmin' : 1, 'vlimit' : 20.0, 'mxsub' : 1, 'ipol' : 0,
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'skmax' : 100, 'vv' : 0, 'vfac' : 0, 'tmode' : 1, 'ips' : 0,
'mipsx' : -1, 'mipsy' : -1, 'mipsz' : -1, 'mipso' : 4,
'gridips' : 2, 'raips' : -1.0, 'dvbips' : 1.0e-8, 'isgld' : 0,
'isgsta' : 1, 'isgend' : 0, 'tsgavg' : 0.2, 'sgft' : 0.0,
'tempsg' : 1.0, 'jar' : 0, 'iamoeba' : 0, 'numexchg' : 0,
'repcrd' : 1, 'numwatkeep' : -1, 'hybridgb' : 0, 'ntwprt' : 0,
'tausw' : 0.1, 'ntwr' : 500, 'iyammp' : 0, 'imcdo' : -1,
'igb' : 0, 'alpb' : 0, 'arad' : 15.0, 'rgbmax' : 25.0,
'saltcon' : 0.0, 'offset' : -999999.0, 'ntwf' : 0,
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'intdiel' : 1.0, 'cut_inner' : 8.0, 'icfe' : 0, 'clambda' : 0.0,
'klambda' : 1, 'rbornstat' : 0, 'lastrst' : 1, 'lastist' : 1,
'itgtmd' : 0, 'tgtrmsd' : 0, 'tgtmdfrc' : 0, 'tgtfitmask' : '',
'tgtrmsmask' : '', 'idecomp' : 0, 'temp0les' : -1.0,
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'ievb' : 0, 'ipimd' : 0, 'itimass' : 0, 'ineb' : 0,
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'inp' : 2, 'gbneckscale' : -999999.0, 'gbalphah' : 0.788440,
'gbbetah' : 0.798699, 'gbgammah' : 0.437334,
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'gbalphaos' : 0.867814, 'gbbetaos' : 0.876635,
'gbgammaos' : 0.387882, 'gbalphap' : 1.0, 'gbbetap' : 0.8,
'gbgammap' : 4.851, 'sh' : 1.425952, 'sc' : 1.058554,
'sn' : 0.733599, 'so' : 1.061039, 'ss' : -0.703469, 'sp' : 0.5,
't' : 0.0, 'ntn' : 0 , 'scalpha' : 0.5, 'scbeta' : 12.0,
'ifsc' : 0, 'scmask' : '', 'logdvdl' : 0, 'dvdl_norest' : 0,
'dynlmb' : 0, 'ifmbar' : 0, 'bar_intervall' : 100,
'bar_l_min' : 0.1, 'bar_l_max' : 0.9, 'bar_l_incr' : 0.1,
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'eq_cmd' : '.false.', 'adiab_param' : 1.0, 'dec_verbose' : 3,
'mccycles' : 1, 'ifcr' : 0, 'iamd' : 0, 'barostat' : 1,
'mcbarint' : 100, 'lj1264' : 0}
self.pmemd = {'imin' : 0, 'nmropt' : 0, 'ntx' : 1, 'irest' : 0,
'ntrx' : 1, 'ntxo' : 1, 'ntpr' : 50, 'ntave' : 0, 'ntwr' : 500,
'iwrap' : 0, 'ntwx' : 0, 'ntwv' : 0, 'ntwe' : 0, 'ioutfm' : 0,
'ntwprt' : 0, 'ntf' : 1, 'ntb' : -1, 'dielc' : 1.0, 'cut' : 0.0,
'nsnb' : 25, 'ipol' : 0, 'igb' : 0, 'intdiel' : 1.0,
'extdiel' : 78.5, 'saltcon' : 0.0, 'rgbmax' : 25.0,
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'tempi' : 0.0, 'ig' : 71277, 'tautp' : 1.0, 'gamma_ln' : 0.0,
'vrand' : 1000, 'vlimit' : 20.0, 'ntp' : 0, 'pres0' : 1.0,
'comp' : 44.6, 'taup' : 1.0, 'ntc' : 1, 'tol' : 0.00001,
'jfastw' : 0, 'hwtnm1' : ' ', 'hwtnm2' : ' ',
'owtnm' : ' ', 'watnam' : ' ', 'ivcap' : 0, 'fcap' : 1.5,
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